インボイス制度と法人成り｜免税のメリットはどうなる？

資本金1,000万円未満の新設法人は、基準期間がない設立1期目・2期目に免税となる場合があります。ただし、インボイス登録、2期目の特定期間、特定新規設立法人などの例外があるため、単に「必ず2期免税」ではありません。

インボイス制度とは

インボイス（適格請求書）制度は、消費税の仕入税額控除のしくみです。買い手が支払った消費税を控除するには、売り手が発行する「適格請求書」が必要になります。そして適格請求書を発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者だけです。

登録は課税事業者であることが前提のため、登録日から課税事業者となり、登録日以後の取引について適格請求書を交付します。

登録すると免税のメリットは消える

資本金1,000万円未満の新設法人は、基準期間がないため設立1期目・2期目に免税となる場合があります。ところが、適格請求書発行事業者に登録すると課税事業者になるため、登録期間中の免税と適格請求書の発行は両立しません。

法人成り後は法人で新たに登録する

個人事業主と設立法人は別の事業者です。個人のインボイス登録番号を法人へ引き継ぐことはできず、法人名義で登録申請をして新しい登録番号の通知を受けます。

個人事業を廃止する場合は、適格請求書発行事業者の登録取消届ではなく事業廃止届出書を速やかに提出します。切替日前後の請求書には、実際に取引した事業者とその登録日に有効な登録番号を記載してください。

取引先がインボイスを求めるかで判断

重要な判断軸の一つは、取引先が消費税の仕入税額控除を必要とするかです。

• 取引先が課税事業者（一般的なB2B）：取引先は仕入税額控除のために適格請求書を求めることが多く、登録が事実上の前提になりやすい。この場合、法人成りの免税メリットは限定的です。
• 取引先が消費者や免税事業者（B2Cなど）：取引先は仕入税額控除をしないため、適格請求書を求められないことが多い。この場合は登録せず、免税のメリットを活かせる余地があります。

受託開発やコンサルティングなど、企業を相手にする事業はB2Bが中心になりやすく、登録が前提になりがちです。一方、一般消費者向けのサービスは免税を維持しやすい傾向があります。

免税事業者から仕入れる側の経過措置

「免税のままでいると取引で不利になるのでは」という不安には、買い手側の経過措置があります。適格請求書発行事業者以外（免税事業者など）からの課税仕入れでも、一定割合を仕入税額として控除できる期間が設けられています。

登録するなら：2割特例・簡易課税

取引先の都合で登録（課税事業者化）する場合でも、納税額を抑える制度があります。

• 2割特例：免税事業者からインボイス登録で課税事業者になった事業者向けの負担軽減策。売上にかかる消費税の2割を納税額とできます。対象は令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日を含む各課税期間で、適用要件の確認が必要です。
• 3割特例：令和9年分・令和10年分に売上税額の3割を納税額とできる新措置は個人事業者だけが対象です。法人成り後の法人は利用できません。
• 簡易課税：基準期間の課税売上高が5,000万円以下で事前に届出をすると、業種ごとのみなし仕入率で納税額を計算できます。2割特例の対象期間が終わったあとも継続して使えます。

実際に登録した場合の納税額や、登録しない場合の免税メリットがいくらになるかは、シミュレーターの消費税試算に年間の課税売上高を入れると概算できます。

まとめ

法人が適格請求書発行事業者として登録されると、登録日から課税事業者となり、その登録期間は新設法人の免税を受けられません。個人の登録番号は引き継がれないため、法人の申請日・登録日と請求書の切替日をそろえます。

免税事業者から仕入れる買い手側の控除は80%→70%→50%→30%と段階的に縮小します。法人は2027・2028年の3割特例を使えないため、2割特例終了後は一般課税と簡易課税を比較してください。

そもそも登録すべきかどうかの判断軸はインボイスは登録すべき？でも整理しています。

公式一次情報

• 国税庁「基準期間がない法人の納税義務の免除の特例」
• 国税庁「適格請求書等保存方式（インボイス制度）」
• 国税庁「新たに事業を開始した場合の登録方法」
• 国税庁「個人事業者が事業を廃止した場合」
• 国税庁「令和8年度税制改正特集」