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個人事業主の電子帳簿保存法｜電子取引データの保存義務と要件

メールやネットで受け取った請求書・領収書データの保存義務と、その要件を整理します。

国税庁の制度
編集：法人成りシミュレーション編集部（合同会社フューチャープロンプト）　／　運営方針・出典

取引先からメールで届くPDFの請求書や、ネット通販の領収書など、データでやり取りした書類は、「電子帳簿保存法」により電子データのまま保存する義務があります。これは個人事業主・フリーランスも対象です。

「印刷して紙で保管していたから大丈夫」とはいかない点に注意が必要。義務の内容と要件を整理します。

電子帳簿保存法の3区分

電子帳簿保存法は、電磁的記録による保存方法を「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引」の3区分に分けています。このうち電子帳簿等保存とスキャナ保存は、対応するかどうかを事業者が選べる任意の制度です。本記事の中心テーマである電子取引だけは、帳簿書類の保存義務がある事業者全員に保存が義務づけられています。

区分対象になるもの義務／任意主な要件
①電子帳簿等保存会計ソフト等で電子的に作成した帳簿・決算書類、自分が発行した書類の写し任意正規の簿記の原則で記録。「優良な電子帳簿」の基準（訂正・削除履歴が残る等）を満たし事前に届出書を提出すると、過少申告加算税5％軽減等の優遇がある
②スキャナ保存取引先から紙で受け取った書類、自分が紙で発行した書類の写し（契約書・請求書・領収書・見積書等）任意一定の解像度・カラー画像での読み取り、タイムスタンプ付与（または訂正・削除履歴が残るシステムでの保存で代替可）、契約書・請求書等の重要書類は帳簿との相互関連性の確保
③電子取引（本記事のテーマ）メール・クラウド・ネット通販等で電子的に授受した請求書・領収書等のデータ義務改ざん防止（タイムスタンプまたは事務処理規程等）と、日付・金額・取引先での検索確保（次項で詳しく解説）

①②は紙の代わりにデータで保存することを「認める」制度、③はデータでの保存そのものを「義務づける」制度という違いがあります。①のうち「優良な電子帳簿」で保存し届出をしている場合は、青色申告特別控除の要件の一つにもなります。②のスキャナ保存を使えば、紙で受け取った請求書・領収書を要件を満たした電子データに置き換えて破棄できます。

電子取引データの保存義務

申告所得税の帳簿・書類の保存義務がある人（事業を行う個人は基本的に対象）が、請求書・領収書・契約書・注文書などをデータでやり取りした場合は、その電子データを電子のまま保存しなければなりません。紙に印刷して保存するだけでは、この義務を満たしたことになりません（紙でやり取りした書類は従来どおり紙で保存します）。

対象になるデータ

  • 取引先からメールに添付されて届いたPDFの請求書・領収書
  • ネット通販で発行された領収書・購入明細（ダウンロードしたもの）
  • クラウドサービスやEDIでやり取りした請求書・契約書
  • クレジットカードや決済アプリの利用明細データ など

要するに、紙ではなく「データ」で授受した取引書類が対象です。

保存の要件

電子取引データの保存には、次の要件があります。

  • 真実性の確保（改ざん防止）：タイムスタンプを付す、訂正・削除の履歴が残るシステムを使う、または「改ざん防止のための事務処理規程」を備え付けて運用する、のいずれか。事務処理規程は国税庁のひな形を使えば、コストをかけずに対応できます。
  • 可視性の確保：ディスプレイ・プリンタ等で画面・書面に出せること、原則として「日付・金額・取引先」で検索できること。

真実性の確保でタイムスタンプを選ぶ場合、付与の期限は電子取引データを受け取ってから最長2か月とおおむね7営業日以内です。請求書処理などの業務処理サイクルが2週間の事業者なら2週間＋おおむね7営業日以内というように、実際の業務処理サイクルの長さに応じて期限が決まります（最長でも2か月が上限）。

検索できる状態にする具体的な方法として、国税庁の記載例では、2021年（令和3年）1月31日付の株式会社霞商店からの11万円の請求書データの場合、ファイル名を「20210131_㈱霞商店_110000」（取引年月日・取引先・取引金額の順）のように統一した順序で入力しておく方法を挙げています。取引先ごとにフォルダを分け、フォルダ名を取引先名にしたうえでファイル名に日付と金額だけを入力する方法も認められています。

小規模な個人事業主の緩和

検索機能は不要なことが多い：前々年の売上高が5,000万円以下の個人事業者などは、検索機能の確保が不要です（令和5年度の改正で、対象が1,000万円以下→5,000万円以下に拡大）。また、データを書面に出力して日付・取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている場合も、検索機能は不要です。ただし、データそのものを保存する義務はなくなりません。

多くの個人事業主は、データをフォルダに分かりやすく保存し、事務処理規程を備えておけば対応できます。

保存要件を満たさない場合の影響

要件どおりに保存していないと直ちに青色申告が取り消されるわけではありませんが、青色申告の承認の取消対象となり得ます。令和6年1月1日以後に行う電子取引データは、出力した書面等による保存で電子データの保存に代えることはできず、災害等のやむを得ない事情がなく保存要件に従って保存されていない場合は取消対象となり得るとされています（ただし取消しは違反の程度等を総合勘案し、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討したうえで判断されます）。

また、電子取引データを削除・改ざんするなどして売上除外や経費の水増しを行った場合や、保存データの内容が事業実態を表していない場合（架空取引等）は、重加算税が10％加重されます。

「優良な電子帳簿」・青色申告特別控除75万円との関係

ここまでの保存要件は、電子取引データの保存として全事業者に義務づけられる最低限のルールです。これとは別に、仕訳帳・総勘定元帳などの帳簿を、訂正・削除の履歴が残るなど電子帳簿保存法が定める「優良な電子帳簿」の基準で保存し、あらかじめ税務署へ届け出ている場合に受けられる優遇があります。

令和9年分の確定申告から、青色申告特別控除の最大額が75万円へ引き上げられます。この見直しは令和8年度税制改正大綱に盛り込まれ、令和8年3月31日成立・公布の税制改正法（所得税法等の一部を改正する法律）で確定済みです。75万円の適用には、e-Taxによる電子申告に加え、仕訳帳・総勘定元帳について、①「優良な電子帳簿」の基準で保存している場合、または②特定の電子計算機処理システムを使用し一定の要件を満たす形で電子取引データを保存している場合、のいずれかに該当することが要件です。

本記事で扱う電子取引データの保存義務（全事業者に義務づけられる最低限のルール）を満たすだけでは、①②いずれの要件も満たしたことにはなりません。要件を満たす電磁的記録の保存方法など運用の詳細は今後の国税庁の案内で確定するため、対応を検討する場合は最新の公式情報を確認してください。

まとめ

  • 電子帳簿保存法は「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引」の3区分。前2つは任意、電子取引だけが義務。
  • メールやネットでデータ受領した請求書・領収書は、電子のまま保存する義務がある（印刷だけはNG）。
  • 要件は、改ざん防止（事務処理規程の備付けでも可）と、検索・表示できること。
  • 前々年の売上5,000万円以下の個人事業者などは、検索機能の確保が不要。
  • データの保存自体は必要。フォルダ整理＋事務処理規程で対応できる。
  • 検索できる状態は、ファイル名を「日付_取引先_金額」の順で統一するなどの方法で満たせる。
  • 保存要件に従っていないと、青色申告の承認の取消対象となり得る。データの削除・改ざん等があれば重加算税が10％加重される。
  • 令和9年分から、青色申告特別控除75万円の要件は「優良な電子帳簿」または特定システムでの保存のいずれか（本記事の保存義務だけでは満たさない、税制改正法で確定済み）。

帳簿・書類の保存全般は帳簿のつけ方を参照してください。利益から税金・社会保険料がいくらになるかは確定申告の税額試算で確認できます。

公式一次情報

よくある質問

メールで受け取ったPDFの請求書は印刷して保存すればいいですか？
いいえ。メールやネットでデータとしてやり取りした請求書・領収書などは、紙に印刷するだけでなく、電子データのまま保存する義務があります（電子帳簿保存法の電子取引）（出典：国税庁）。
保存にはどんな要件がありますか？
改ざんを防ぐ措置（タイムスタンプや、訂正・削除の履歴が残るシステム、または事務処理規程の備付けなど）と、ディスプレイ等で確認できること、「日付・金額・取引先」で検索できることが原則です（出典：国税庁）。
小規模な個人事業主でも検索できるようにする必要がありますか？
前々年の売上高が5,000万円以下の個人事業者などは、検索機能の確保が不要です（書面に出力して日付・取引先ごとに整理して提示できる場合も不要）。ただしデータの保存自体は必要です（出典：国税庁）。
本記事について。税理士監修前の概説です。
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