人間ドックの費用を会社が出すと給与になる？課税されない条件

従業員の健康のために、人間ドックの費用を会社で持つ制度を作りたい。法人成りして役員になった自分も受けたい。そのとき気になるのが、会社が払った検診料が本人の給与として課税されるかどうかです。

国税庁の質疑応答事例「人間ドックの費用負担」は、一定年齢以上の希望者が全員受けられ、受けた人全員の費用を会社が負担する場合は、給与等として課税する必要はないと回答しています。一方で、役員や特定の地位にある人だけを対象にして費用を負担する場合には、課税の問題が生じるとされています。

法律上の健康診断の実施義務は「従業員を雇ったときの健康診断の実施義務」で扱っています。このページは、人間ドックなどの費用を会社が出したときの課税面に絞ります。

国税庁の事例の前提

質疑応答事例が扱っているのは、社内規程を設けている会社です。役員と使用人の健康管理のため、全員に春と秋の年2回の定期健康診断をしています。

これとは別に、35歳以上の希望者全員に、2日間の人間ドックを実施しています。

• 検診は、会社と契約した特定の専門医療機関で行う
• 医療機関のベッド数が確保できる範囲で、順次実施する
• 検診料は会社が負担する

照会は、この人間ドックを受けた人に、会社が負担した検診料相当額を給与等として課税すべきか、というものです。

課税されない理由と、課税が問題になる場合

回答は「給与等として課税する必要はありません」です。理由として、次の点が挙げられています。

• 役員または使用人の健康管理の必要から、一般的に実施されている人間ドック程度の健康診断の実施が、雇用主に義務付けられていることなどがある
• 一定年齢以上の希望者は全て検診を受けることができる
• 検診を受けた者の全てを対象として、その費用を負担している

反対に、役員や特定の地位にある人だけを対象としてその費用を負担する場合は、課税の問題が生じると書かれています。この事例の関係通達として、所得税基本通達36-29が示されています。

制度設計の判定表

事例の記載から読み取れる範囲で、制度の形ごとの見方を並べます。表は事例の前提との近さを示すもので、個別の結論ではありません。

表の3行目と4行目は、事例が直接答えていない部分です。該当しそうなときは、顧問税理士にご相談ください。

役員が受けるときの注意

事例では、役員と使用人の全員が定期健康診断の対象で、人間ドックも一定年齢以上の希望者全員が対象です。役員が使用人と同じ条件で受けられる制度であることが、前提になっています。

役員だけが対象の制度は、事例が「課税の問題が生じる」とした形です。役員への給与として扱われると、役員給与の損金算入の要件にも関わります。この点は「役員報酬の決め方」を参照してください。

従業員がいない、役員だけの会社でどう扱われるかは、この事例が扱っていません。個別に顧問税理士へ確認してください。

同じ福利厚生の領域では「社員旅行・忘年会・慶弔見舞金は福利厚生費か」「食事補助の非課税限度額」も整理しています。

まとめ

• 一定年齢以上の希望者全員が受けられ、受けた人全員の費用を会社が負担する人間ドックは、給与等として課税する必要はないとされている
• 役員や特定の地位にある人だけを対象にすると、課税の問題が生じる
• 事例の前提は、社内規程があり、一般的な人間ドック程度の検診であること
• 事例が答えていない形は、顧問税理士に確認する

公式一次情報

• 国税庁 質疑応答事例 人間ドックの費用負担（令和7年8月1日現在の法令・通達等。事例の前提、回答要旨、関係通達の所得税基本通達36-29）

よくある質問

人間ドックの費用を会社が払うと、必ず課税されますか？

国税庁の質疑応答事例では、一定年齢以上の希望者が全員受けられ、受けた人全員の費用を会社が負担する場合は、給与等として課税する必要はないとされています。

役員だけ人間ドックの費用を会社が払うとどうなりますか？

役員や特定の地位にある人だけを対象に費用を負担する場合は、課税の問題が生じると事例に書かれています。

どの程度の検診なら対象になりますか？

事例は、一般的に実施されている人間ドック程度の健康診断を前提にしています。それを超える内容は、事例が直接答えていないため確認が必要です。

年齢の条件は必要ですか？

事例の会社は、35歳以上の希望者を対象にしています。「一定年齢以上の希望者は全て受けられる」ことが理由の1つに挙げられています。

関係する通達は何ですか？

事例には、関係法令通達として所得税基本通達36-29が示されています。