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法人化すると年末調整はどう変わる？役員報酬の年末調整と確定申告が必要なケース

個人事業主の確定申告と、法人化後の役員報酬にかかる年末調整の違い、法人成りした年に確定申告が必要になりやすい理由を国税庁の情報にもとづき整理します。

法人化（法人成り）
編集：個人事業主のお金ラボ編集部（合同会社フューチャープロンプト）　／　運営方針・出典

個人事業主のときは、1年間の事業所得を自分で計算し、確定申告書を提出して税額を納めていました。法人化して役員報酬を受け取るようになると、役員報酬は給与所得として扱われ、原則は法人が行う年末調整で所得税の過不足が精算されます。

ただし、年末調整だけで完結するとは限りません。特に法人成りした年は、個人事業の所得と役員報酬が同じ年に混在するため、確定申告が必要になりやすい構造があります。本記事では国税庁の情報にもとづき、年末調整の対象・確定申告が必要になるケースを整理します。

個人事業の確定申告と法人化後の年末調整の違い

個人事業主のときの所得税は、収入から必要経費・各種控除を差し引いた事業所得をもとに自分で計算し、翌年の確定申告期間に申告・納税する仕組みでした。法人化すると、事業で得た利益は会社の利益になり、自分が受け取るのは役員報酬という給与になります。

給与は支払時に会社が所得税を源泉徴収するため、原則は毎月の給与から天引きされた税額と、年間の正しい税額との差額を12月の給与で精算する年末調整で完結します。確定申告と年末調整は、どちらも1年分の所得税を確定させる手続きという点は共通ですが、主体が自分（個人事業主）か会社（給与の支払者）かという違いがあります。

法人成り全体の進め方は法人成りの進め方、役員報酬の金額そのものの決め方は役員報酬の決め方で解説しています。

役員報酬の所得税の精算（原則は年末調整）

国税庁は年末調整の対象となる人について、1年を通じて勤務している人や、年の中途で就職し年末まで勤務している人が対象になると説明しています。「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出している役員も、この対象に含まれます。

年の中途で退職した場合でも、死亡による退職、著しい心身の障害による退職（再就職の予定がない場合）、12月に支給されるべき給与の支払を受けた後の退職、本年中に支払を受ける給与の総額が123万円以下であるパートタイマー等の退職（退職後に他から給与の支払を受ける見込みがない場合）のいずれかに該当すれば、その時点で年末調整の対象になります。

社長1人の法人が自分の年末調整を進める流れ

社長1人の法人でも、会社が給与の支払者、社長が給与を受け取る人という関係なので、年末調整は会社の事務として自分で進めます。国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」にある流れを、社長1人の場合に当てはめると次の順になります。

  1. 扶養控除等（異動）申告書を会社に出す：提出先は給与の支払者である会社です。毎年最初に給与の支払を受ける日の前日までに出すのが原則で、まだ出していなくても、年末調整を行う時までに申告があればその申告に基づいて年末調整をします。社長1人の場合は、社長が自分で申告書を書いて会社に出す形になります。
  2. 保険料控除申告書を用意する：生命保険料控除、地震保険料控除、社会保険料控除などは、本人から提出された「給与所得者の保険料控除申告書」に基づいて行います。年末調整を行う時までに提出を受ける、と国税庁の資料にあります。配偶者控除・配偶者特別控除を受けるときは、配偶者控除等申告書も会社に出す必要があります。
  3. 源泉徴収簿で年税額を計算する：申告書の内容を源泉徴収簿の「扶養控除等の申告・各種控除額」欄に正しく記入したか確かめ、1年分の給与と源泉徴収済みの税額から、年末調整で確定する年税額を計算します。源泉徴収簿の様式は国税庁のサイトに掲載されています。
  4. 過不足額を精算する：すでに源泉徴収した税額の合計が年税額より多ければ差額を社長に還付し、少なければ社長から徴収します。還付する場合は、年末調整を行った月分（通常は12月分）として納付する源泉所得税から差し引きます。納付書には「年末調整による超過税額」または「年末調整による不足税額」の欄があります。
  5. 源泉徴収票を作り、翌年1月に提出する：源泉徴収票を社長に交付し、市区町村へ給与支払報告書を出します。税務署へは、源泉徴収票と法定調書合計表を提出します。

提出期限は、法定調書（源泉徴収票と法定調書合計表）は翌年1月31日、給与支払報告書は1月31日までが原則です。令和8年分の法定調書は、1月31日が日曜に当たるため、国税庁の手引では令和9年2月1日（月）までとされています。給与支払報告書の期限が同じようにずれるかは、提出先の市区町村の案内で確認してください。

令和9年1月以降は、市区町村へ給与支払報告書を提出すると税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなされる特例が始まると国税庁は案内しています。年末調整に係る源泉所得税の納期限は令和9年1月12日（火）（納期の特例の承認を受けている場合は1月20日（水））です。

役員報酬の金額の決め方は、記事「役員報酬の決め方」で説明しています。

法人成りした年は確定申告が必要になりやすい

法人成りした年は、法人設立前の個人事業の事業所得と、設立後に受け取った役員報酬（給与所得）が同じ年に混在します。国税庁は、給与を1か所から受けていて、給与所得・退職所得以外の各種の所得金額の合計額が20万円を超える人は確定申告が必要だとしています。

役員報酬は年末調整で精算されますが、この年末調整は給与所得の範囲にとどまり、個人事業として得ていた事業所得は含まれません。設立前の事業所得が20万円を超えていれば、年末調整を受けていても別途、確定申告で事業所得分を申告する必要があります。

なお、転職者が前の勤務先の「給与所得の源泉徴収票」を提出すれば前職分も合算して年末調整を受けられる仕組みがありますが、これは給与所得どうしの合算であり、個人事業の事業所得には適用されません。確定申告の具体的な進め方は確定申告のやり方で解説しています。設立日までの事業所得や青色申告特別控除の確認点は法人成りした年の個人の確定申告の書き方で整理しています。

会社に事務所を貸す・お金を貸し付けている場合

法人成りの実務では、自宅の一部を法人の本店・事業所として貸したり、設立資金として法人へお金を貸し付けたりするケースがあります。国税庁は、同族会社の役員などで、その同族会社から貸付金の利子や資産の賃貸料などの支払を受けている人は確定申告が必要だとしています。

  • 役員報酬だけを見て「年末調整で終わり」と判断すると、家賃収入や利子収入の申告漏れにつながることがある。
  • 本店所在地を自宅にする場合の注意点は別途整理が必要（契約関係・按分の考え方など）。

法人成りすると増える負担・注意点の全体像は法人成りのデメリットで整理しています。

役員報酬が2,000万円を超える場合

役員報酬の金額自体が大きい場合も、年末調整では完結しません。国税庁は、1年間に支払うべきことが確定した給与の総額が2,000万円を超える人は年末調整の対象から除かれるとしています。あわせて、給与の年間収入金額が2,000万円を超える人は確定申告が必要だとも説明しています。

この基準は役員報酬にもそのまま当てはまります。報酬額の設計自体は法人成りシミュレーターや役員報酬の比較シミュレーターで、本人手取りと会社に残る資金を分けて試算できます。

まとめ

  • 法人化すると事業所得は役員報酬（給与所得）に変わり、原則は会社が行う年末調整で所得税が精算される。
  • 年末調整の対象は、1年を通じて勤務している人・年の中途で就職し年末まで勤務している人が基本（国税庁）。
  • 法人成りした年は、設立前の事業所得（20万円超）が別途あると年末調整だけでは完結せず確定申告が必要になりやすい。
  • 会社への資産の賃貸料・貸付金の利子を受け取っている同族会社役員も確定申告が必要（国税庁）。
  • 役員報酬の年間総額が2,000万円を超える場合は年末調整の対象外で、確定申告が必要になる。

法人化した場合の税負担・手取りの全体像は法人成りシミュレーターで試算できます。設立後の決算・申告の流れは法人の決算・申告にまとめています。

公式一次情報

よくある質問

法人化したら確定申告はしなくてよくなりますか？
役員報酬だけであれば原則は年末調整で完結しますが、法人成りした年に個人事業の事業所得が別途あった場合や、会社への資産の賃貸料・貸付金の利子を受け取っている場合などは確定申告が必要になります（出典：国税庁）。
法人成りした年の個人事業の所得はどう扱われますか？
設立前の事業所得は役員報酬の年末調整には含まれません。給与所得・退職所得以外の所得金額の合計額が20万円を超える場合は、別途確定申告が必要です（出典：国税庁）。
役員報酬がいくらを超えると年末調整の対象外になりますか？
1年間に支払うべきことが確定した給与の総額が2,000万円を超えると年末調整の対象から除かれ、確定申告が必要になります（出典：国税庁）。
自宅を会社の本店として貸している場合も申告が必要ですか？
同族会社の役員などがその同族会社から資産の賃貸料や貸付金の利子の支払を受けている場合は、確定申告が必要とされています（出典：国税庁）。
本記事について。税理士監修前の概説です。制度・期限は改正される場合があります。個別の判断は税務署または専門家へご確認ください。
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