法人の税務調査の手続｜事前通知の項目・帳簿の提示・調査終了時の通知
会社に税務署の実地調査が入るとき、事前通知で何が知らされ、調査の途中で何を求められ、終わりにどんな通知が来るのかを順に説明します。
国税通則法74条の9〜74条の11にもとづく法人税の実地調査は、国税通則法に、事前通知・調査中の帳簿書類の扱い・終了時の通知が段階ごとに定められています。事前通知は調査の開始日時や場所、目的、税目、対象期間などを伝えるもので、方法は原則として電話です。終わりの手続は、更正などをすべきでないと認められた場合は書面で通知され、修正申告を勧められた場合は、提出すると不服申立てができなくなる点の説明があります。
個人事業主の場合は個人事業主の税務調査を見てください。このページは、法人税・地方法人税の調査を想定して、手続の順番と、帳簿の保存、加算税の関係を見ていきます。
調査の流れと段階ごとの根拠
| 段階 | 内容 | 根拠 |
|---|---|---|
| 事前通知 | 実地の調査の前に、日時・場所・目的・税目・期間・帳簿書類などを通知する | 国税通則法74条の9第1項 |
| 事前通知をしない場合 | 申告や過去の調査の内容、事業内容の情報などから、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合 | 国税通則法74条の10 |
| 調査中 | 法人税・地方法人税の調査について、質問し、帳簿書類その他の物件を検査できる | 国税通則法74条の2第1項第2号 |
| 調査終了 | 更正決定等をすべきと認められない場合は書面で通知。すべきと認める場合は結果を説明する | 国税通則法74条の11 |
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決算と申告の流れを、設立後の小さな会社の立場で確かめたいとき向けです。
調査か、行政指導か
国税庁の「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」は、調査を「特定の納税者の課税標準等または税額等を認定する目的で、質問検査等を行い、申告内容を確認するもの」と説明しています。
税務署から電話で「申告内容に誤りがないか見直してほしい」と連絡が来る場合は、調査ではなく行政指導にあたることがあります。このときに自主的に修正申告書を出した場合、過少申告加算税は賦課されません（延滞税は納める場合があります）。担当者は、調査か行政指導かを、具体的な手続に入る前に明示するとされています。
事前通知で伝えられる項目
実地の調査では、税務署長等はあらかじめ、納税義務者に調査を行う旨と、次の事項を通知します（国税通則法74条の9第1項）。税務代理人がいる場合は、その税務代理人にも通知します。
- 調査を開始する日時
- 調査を行う場所
- 調査の目的
- 調査の対象となる税目
- 調査の対象となる期間
- 調査の対象となる帳簿書類その他の物件
- その他、調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項
- 方法：法令に定めはなく、原則として電話で口頭により行うとされています。事前通知の内容を書面にして渡してほしいという要望には、応じないとされています（FAQ問12）。
- 時期：何日前という決まりはなく、準備ができるよう相当の時間的余裕を置くとされています（FAQ問13）。
- 日時・場所の変更：合理的な理由を付けて日時または場所の変更を求めたときは、税務署長等は協議するよう努めるものとされています（74条の9第2項）。
- 税務代理人への通知：納税者の同意がある場合は、税務代理権限証書を出している税理士に通知すれば足ります。同意は、その税理士が税務署に出す税務代理権限証書に記載しておきます（FAQ問14）。
調査中の帳簿書類の提示・留置き・反面調査
- 提示・提出の拒否：質問に答えなかったり、帳簿書類等の提示・提出の求めに正当な理由なく応じなかったりした場合は、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金の対象になります（国税通則法128条）。FAQは、罰則を背景に強権的に行使する考えはなく、理解と協力のもとで承諾を得て行うとしています（問3）。
- 電磁的記録：提示は画面で内容を確認できる状態にします。提出は、プリントアウト、調査担当者が持参した媒体へのコピー、e-Taxやオンラインストレージ、メールなどの方法があります（問5）。
- 留置き（預かり）：事務所のスペースが足りない、帳簿書類が多いなどの場合に、税務署内で調査を続けるため預かることがあります。留め置く必要性を説明したうえで承諾を得て行い、承諾なく強制的に留め置くことはないとされています（問10）。必要がなくなれば遅滞なく返還されます（問11）。
- 取引先への反面調査：納税者以外の取引先などを調査しなければ正確な事実の把握が困難な場合に、取引先に対して反面調査を実施することがあります（問23）。
調査終了時の通知と修正申告
| 調査の結果 | 税務署側の手続 |
|---|---|
| 更正決定等をすべきと認められない | その時点で、納税義務者に更正決定等をすべきと認められない旨を書面で通知する（74条の11第1項） |
| 更正決定等をすべきと認める | 調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額とその理由を含む）を説明する（同条第2項） |
| 修正申告・期限後申告の勧奨があった | 勧奨に応じて申告書を出した場合は、不服申立てをすることはできないが更正の請求はできる旨を説明し、その旨を記載した書面を交付する（同条第3項） |
通知や説明は、納税義務者の同意があれば、税務代理人に対して行うこともできます（同条第4項）。
修正申告をすると不服申立てができなくなるため、内容に納得できない場合は、勧奨に応じる前に税理士に相談して判断するのが安全です。更正された処分に納得できない場合の申立ては税務署の処分への不服申立て、修正申告の期限と更正の請求は法人税の修正申告・期限後申告・更正の請求で扱っています。
加算税の率と計算例
過少申告加算税の率は国税通則法65条に定めがあります。国税庁のタックスアンサーNo.2026（所得税の案内）は、同じ内容を修正申告の時期で次のように示しています。
| 修正申告・更正の時期 | 過少申告加算税の率 |
|---|---|
| 調査の事前通知の前に自主的に修正申告 | かからない |
| 事前通知の後で、調査による更正を予知する前の修正申告 | 5%（当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は10%） |
| 調査を受けた後の修正申告（更正を予知したもの）、または更正 | 10%（同じ金額を超える部分は15%） |
計算例（仮の数字）：調査を受けた後の修正申告で、新たに納める税金が100万円、当初の申告納税額が30万円だったとします。
- 基準の金額は、当初の申告納税額30万円と50万円のうち多い50万円です。
- 50万円までの部分は10%で5万円、超える50万円の部分は15%で7万5千円です。
- 過少申告加算税は合計12万5千円です。延滞税は別にかかる場合があります。
当初の申告納税額が200万円なら、基準は200万円で、新たに納める100万円は超えないため、100万円全体に10%がかかり、10万円です。
調査で帳簿の提示等がなかった場合などは、さらに加算される場合があります（国税通則法65条）。仮装隠蔽があった場合の重加算税など、率の異なる加算税もあります。
帳簿書類の保存期間
国税庁のタックスアンサーNo.5930によると、法人の帳簿書類は、原則としてその事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存します。青色申告書を提出した事業年度に欠損金額（青色繰越欠損金）が生じた事業年度などは、10年間です。保存の対象と期間は法人の帳簿書類の保存期間、書類ごとの早見表は法人の書類の保存期間の一覧を見てください。
公式一次情報
- e-Gov法令検索 国税通則法（65条、74条の2、74条の9〜74条の11、128条）
- 国税庁 税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）
- 国税庁 タックスアンサー No.2026 確定申告を間違えたとき（所得税。過少申告加算税の率の案内）
- 国税庁 タックスアンサー No.5930 帳簿書類等の保存期間
確認日は2026年10月23日です。
次に知りたいこと
法人税の修正申告・期限後申告・更正の請求：調査後の修正申告の期限と手続- 法人税の還付金と加算金：更正の請求で還付になるときの流れ
- 法人の帳簿書類の保存期間：7年と10年の分かれ目
- 個人事業主の税務調査：個人の場合の流れ
よくある質問
- 税務調査の事前通知は、書面で来ますか？
- 方法は法令に定めがなく、原則として電話で口頭により行われます。通知内容を書面で渡してほしいという要望には応じないとされています（国税庁FAQ問12）。
- 事前通知で伝えられる項目は何ですか？
- 調査を開始する日時、場所、目的、対象の税目、対象の期間、対象の帳簿書類その他の物件と、政令で定める事項です（国税通則法74条の9第1項）。
- 調査の日時を変えてもらうことはできますか？
- 合理的な理由を付けて日時または場所の変更を求めると、税務署長等は協議するよう努めるものとされています（74条の9第2項）。
- 帳簿書類の提示を断るとどうなりますか？
- 正当な理由なく応じないと、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金の対象になります（国税通則法128条）。実際には説明と承諾を得て行うとFAQにあります。
- 調査の結果、問題がなかった場合は通知が来ますか？
- 実地の調査の結果、更正決定等をすべきと認められない場合は、その旨が書面で通知されます（74条の11第1項）。
- 調査後に修正申告をすると、あとから争えませんか？
- 修正申告書を出した場合は不服申立てはできませんが、更正の請求はできます。この点は、修正申告を勧奨する際に書面で説明されます（74条の11第3項）。