設立3期目の消費税は免税か｜設立1期目に100万円以上の設備を買った場合
資本金1,000万円以上で設立した法人が、設立1期目に調整対象固定資産を買い、一般課税で申告すると、3期目は基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも免税になりません。国税庁の質疑応答事例の例（資本金1,000万円・機械150万円・1期目の課税売上800万円）で、判定の順序と簡易課税が使えない理由を説明します。
消費税設立3期目の法人は、基準期間が設立1期目になります。1期目の課税売上高が1,000万円以下なら、原則は3期目も免税です。ところが、資本金1,000万円以上の新設法人が1期目に設備を買って一般課税で申告していると、この原則が当てはまらなくなります。
この記事では、国税庁の質疑応答事例にある例を使い、1期目に調整対象固定資産を買い、一般課税で申告した新設法人は、3期目に課税事業者となり、簡易課税も使えないという結論に至る順序を説明します。
質疑応答事例の例：資本金1,000万円・機械150万円
国税庁の質疑応答事例（消費税「設立3期目の法人に対する納税義務の免除の特例」）が前提にしているのは、次の法人です。
| 項目 | 例の内容 |
|---|---|
| 資本金 | 1,000万円で設立した新設法人 |
| 設立1期目 | 150万円の機械を購入して事業を開始。課税売上げは800万円 |
| 1期目の消費税の申告 | 簡易課税制度の適用を受けず、一般課税で確定申告した |
| 疑問 | 3期目の基準期間（1期目）の課税売上高は1,000万円以下になるので、3期目は免税事業者か |
回答は、3期目は課税事業者になるです。基準期間の課税売上高だけを見ると免税に見えるため、見落としやすい例です。
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3期目が課税事業者になる判定の順序
回答が示す根拠は、次の3つがすべてそろっていることです。
- 資本金1,000万円以上の新設法人である
- 基準期間がない事業年度に含まれる課税期間（設立1期目）中に、調整対象固定資産の課税仕入れを行っている（例では150万円の機械）
- その課税期間（設立1期目）の消費税の確定申告を、一般課税で行っている
調整対象固定資産とは、棚卸資産以外の資産で、建物、構築物、機械及び装置、船舶、航空機、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産のうち、消費税等を除いた税抜価格が100万円以上のものです（質疑応答事例の注）。例の機械は150万円なので、これに当たります。
通常の3期目の判定は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下かどうかです。基準期間の考え方は消費税の基準期間とはで整理しています。この例では、通常の判定より前に、1期目の設備の購入と申告方法による制限がかかります。
3期目に簡易課税が使えない理由
回答は、3期目について、簡易課税制度を適用して申告することもできないと述べています。3期目は一般課税で消費税の確定申告を行う必要があります。
簡易課税は、売上に対する消費税額から、業種ごとのみなし仕入率で仕入控除税額を計算する方法です。仕組みは簡易課税制度とはで説明しています。簡易課税を選ぶための届出書の出し方と期限は、簡易課税制度選択届出書の記事で確認できます。
簡易課税を前提に設立した法人でも、1期目に100万円以上の設備を一般課税で申告すると、簡易課税に切り替えられない期間が生じます。設備投資の時期と申告方法は、設立の前に組み立てておく必要があります。
機械を売却・廃棄しても結論は変わらない
回答は、当期（設立2期目）または来期（設立3期目）に、この調整対象固定資産を廃棄または売却等により処分したとしても、3期目が課税事業者となることと、一般課税で申告する必要があることは変わらないとしています。
つまり、設備を手放しても、一度かかった制限は外れません。「使わなくなったから免税に戻る」とは考えないでください。
設立時に確認したいこと
設立1期目・2期目の消費税の考え方は、法人の資本金の額によって分かれます。資本金1,000万円未満の法人が課税事業者になる場合は、特定新規設立法人の記事で整理しています。資本金が1,000万円以上の新設法人は、1期目から課税事業者です。
- 期首の資本金の額が1,000万円以上かどうか
- 設立1期目に、税抜100万円以上の設備（機械、車両、器具備品など）を買う予定があるか
- 1期目の申告を、一般課税で行うか
- 3期目以降に簡易課税を使う予定があるか
これらが重なる場合は、3期目の免税や簡易課税を前提にした資金計画は組めません。設立前に、所轄の税務署または税理士へ確認してください。
法人成りと消費税の免税全般は法人成りで消費税は2年免税？で確認できます。
公式一次情報
- 国税庁 質疑応答事例 設立3期目の法人に対する納税義務の免除の特例（2026-10-31確認。令和7年8月1日現在の法令・通達等に基づく）
まとめ
資本金1,000万円以上の新設法人が、設立1期目に税抜100万円以上の調整対象固定資産を買い、その課税期間を一般課税で申告すると、3期目は基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも課税事業者になります。3期目は簡易課税も使えず、設備を処分しても変わりません。
次に知りたいことは、特定期間の判定、1,000万円を超えたときの課税事業者の判定、本則課税と簡易課税の比べ方の記事で確認できます。
よくある質問
- 設立3期目の基準期間は、いつの期間ですか？
- 設立1期目です。質疑応答事例の例でも、3期目の基準期間は前期（設立1期目）として判定を考えています。
- 1期目の課税売上高が1,000万円以下なら、3期目は必ず免税ですか？
- いいえ。資本金1,000万円以上の新設法人が1期目に調整対象固定資産を課税仕入れし、一般課税で申告していると、3期目は課税事業者になります（国税庁質疑応答事例）。
- 調整対象固定資産とは、いくら以上の資産ですか？
- 棚卸資産以外の資産のうち、建物、機械及び装置、車両及び運搬具、工具、器具及び備品などで、消費税等を除いた税抜価格が100万円以上のものです。
- 買った機械を2期目に売却したら、3期目は免税になりますか？
- なりません。国税庁の回答は、当期または来期に廃棄や売却等で処分しても、3期目が課税事業者となることは変わらないとしています。